For students

List of subjects/courses provided by our Department (academic year 2023/2024).

(Except for KPA/604 "Molecular Phylogenetics", KPA/172 "Microbial Ecology and Genomics", KPA/175 "Biochemistry and Molecular Biology of Parasites", and KPA/176 "Biology of Parasitic Protists",  the courses are conducted in the Czech language. Consultations in English are possible.).

Currently offered topics for Bachelor and Master theses at our Department
(updated January 16, 2024)

Topic/Title: Diversity of tick-borne encephalitis virus in natural endemic areas of South Bohemia

Type of work: Bachelor or Master - the extent of the thesis can be modified

Supervisor: Václav Hönig (honig@paru.cas.cz) – Laboratory of Arbovirology, Institute of Parasitology BC CAS

Short description: Tick-borne encephalitis virus causes severe infection of the central nervous system of human. The virus circulates in nature between its natural hosts (especially rodents) and its vectors – ticks. Individual strains of tick-borne encephalitis virus can differ significantly in a number of characteristics, including pathogenicity to humans. The goal of the Bachelor or Master thesis is to uncover the diversity of tick-borne encephalitis virus strains in areas of its endemic occurrence, characterize their biological features, and compare them to strains that infect human patients. The topic combines field work (tick sampling) with work in the laboratory. Student will gain experience with widely used methods of molecular biology (sample processing, RNA extraction, reverse transcription, qPCR, sequencing including NGS, etc.), virology (working with infectious material – BSL2, virus isolation using tissue culture, plaque assays, etc.), and basic statistical and phylogenetic methods.

--------------------

Topic/Title: Ticks and tick-borne pathogens in urban habitats

Type of work: Bachelor or Master - the extent of the thesis can be modified

Supervisor: Václav Hönig (honig@paru.cas.cz) – Laboratory of Arbovirology, Institute of Parasitology BC CAS

Short description: Ticks are vectors of numerous pathogens of human and animals. Their occurrence is not limited to typical forest habitats; on the contrary, stable tick populations are also found in urban areas, as are the tick-borne pathogens. Due to high human activity, these areas pose a significant public health risk. The goal of the Bachelor or Master thesis is to reveal the diversity of viral and bacterial pathogens in ticks found in urban green spaces. In addition, the composition of the host fauna will be characterized by detecting the host DNA in remnants of digested blood, and the host species will be correlated with the presence of pathogens. The topic combines field work (tick sampling) with work in the laboratory. Student will gain experience with widely used methods in molecular biology (sample processing, RNA extraction, reverse transcription, qPCR, sequencing, etc.), virology (working with infectious material – BSL2, virus isolation by tissue culture, plaque assays, etc.), and in basic statistical and phylogenetic methods.

--------------------

Topic/Title: Population genetics of host-parasite system in area of the secondary contact

Type of work: the extent of the work can be modified for all degrees of study (Bachelor, Master, Ph.D.)

Supervisor: Václav Hypša (vacatko@prf.jcu.cz)

Short description: Usually there is a significant congruence in the population structure between the parasites and their hosts. This is mainly due to the dependence of the parasite on the host during its spread in the environment. Detailed study on population structure in the parasite-host system is, therefore, important for understanding the evolutionary, genetic, but also epidemiological aspects of parasitism. From the biological point of view, the topic focuses on a particularly interesting case, which is a secondary contact of two populations after the re-colonization of Europe (field mouse of the genus Apodemus, louse of the genus Polyplax).

--------------------

Topic/Title: Pangenomes of symbiotic bacteria of parasitic insects and horizontal gene transfer

Type of work: the extent of the work can be modified for all degrees of study (Bachelor, Master, Ph.D.)

Supervisor: Václav Hypša (vacatko@prf.jcu.cz)

Short description: For their survival and reproduction, parasitic insects require intracellular symbiotic bacteria that provide them with several important substances. During the evolution, symbiosis has occurred repeatedly, and symbionts have originated from different groups of bacteria. The topic focuses on genome comparison of symbiotic bacteria and their free-living relatives: the objective is to identify the genetic background suitable for the symbiosis, and the importance of horizontal gene transfer for acquisition of necessary capabilities.

--------------------

Topic/Title: eDNA screening of selected potential human helminths

Type of work: Bachelor or Master

Supervisors: Roman Kuchta (krtek@paru.cas.cz), Tomáš Scholz (tscholz@paru.cas.cz) - Laboratory of Helminthology PAÚ BC CAS

Short description: eDNA-based techniques have a great potential for the detection and quantification of infectious agents. The development of eDNA tools is, therefore, crucial for disease ecology and epidemiology as human health and wildlife conservation management efforts require reliable identification and monitoring of pathogens. eDNA metabarcoding will be used to detect larval stages of selected groups of helminth parasites, including potential human parasites (a broad fish tapeworm Dibothriocephalus latus, or flukes of the genera Metagonimus, Opisthorchis, Trichobilharzia, etc.) in water reservoirs, fish ponds, and natural habitats.

--------------------

Topic/Title: Origin of parasitism in the Neodermata (parasitic flatworms): from morphology and ultrastructure to phylogenomics

Type of work: Bachelor or Master

Supervisors: Jan Brabec (brabcak@paru.cas.cz), Roman Kuchta (krtek@paru.cas.cz), Tomáš Scholz (tscholz@paru.cas.cz) - Laboratory of Helminthology PAÚ BC CAS

Short description: The early phylogeny of parasitic flatworms (including the notoriously known cestodes and trematodes) and their free-living ancestors has not yet been satisfactorily resolved. We approach this problem primarily through bioinformatic analyses of de novo-characterised phylogenomic data (mainly transcriptomes) of basal representatives of the major neodermatan lineages, and by interpreting individual morphological and ultrastructural characters in light of these data.

--------------------

Topic/Title: Diversity and phylogenetic relationships of North American tapeworms and their coevolution with freshwater fish

Type of work: Bachelor or Master

Supervisors: Tomáš Scholz (tscholz@paru.cas.cz), Jan Brabec (brabcak@paru.cas.cz), Roman Kuchta (krtek@paru.cas.cz) - Laboratory of Helminthology PAÚ BC CAS

Short description: Representatives of several cestode lineages infect a number of North American freshwater fish groups, including the most primitive lineages of ray-finned fishes. We are interested in description of the diversity of their cestode parasites and understanding of the interrelationships among cestodes by combining classical morphological techniques (including electron microscopy) and molecular-phylogenetic approaches including Sanger- and NGS sequencing.

--------------------

Title/Topic: Diversity and phylogenetic relationships of the parasites of marine mammals

Type of work: Bachelor or Master

Supervisors: Jesus Servando Hernández-Orts (jesus.hernandez.orts@gmail.com), Tomáš Scholz (tscholz@paru.cas.cz), Roman Kuchta (krtek@paru.cas.cz) - Laboratory of Helminthology PAÚ BC CAS

Short description: Marine mammals (cetaceans, whales, etc.) are known to be suitable hosts for a number of parasites, especially helminths (tapeworms, trematodes, nematodes, and acanthocephalans). However, the parasite fauna of these mammals is poorly understood, including some pathogens that affect humans. The aim of the project will be to penetrate a group of helminths using morphological techniques, including electron microscopy and molecular phylogenetic approaches.

--------------------

Currently offered Ph.D. and POSTDOC positions at our Department
(updated January 3, 2024)

Offered Ph.D. topics:

Our department currently does not offer any Ph.D. topics. However, if you are interested in a Ph.D. study at our department, do not hesitate to contact us - we may try to come up with something together ;-).

Offered POSTDOC positions:

Our department currently does not offer any Postdoc position. However, if you are interested in a Postdoc position at our department, do not hesitate to contact us - we may try to come up with something together ;-).

In our programme we have PhD students from the Czech Republic as well as from abroad. Students benefit from the excellent facilities of the faculty as well as of several institutes of the Academy of Sciences, they have access to one of the best-equipped centers of electron microscopy in the Czech Republic, to confocal microscopes, and to metabolomic and proteomic centers. Students can choose from a variety of courses and attend a Seminar of the Department presented by both students and invited speakers.

Information for prospective students

Information and application form

Applicants should first find a mentor → please look at current openings, or contact the mentor directly (only with specific interest; general emails with the application are not considered). Then, official interview with board members will be established.

Information for current students

• Student advisory board. Each of the students is assigned a designated reporter. The student advisory board is composed of the student’s supervisor, reporter, and the director of the PhD studies in Parasitology (Eva Nováková). The student advisory board is responsible for the quality of any compulsory written study assignments, i.e. Doctoral Study Plan, Student Review, and the Annual Report. The advisory board must provide the student with a comprehensive feedback on each of those.
• Within 2 months from the beginning of the study, the PhD student is obliged to submit to the Department of Student Affairs the "Doctoral Study Plan" which he/she has prepared with his/her supervisor based on the conclusions of the admission procedure. The study plan will be assessed and approved (or not approved) by the Program Board. In case the plan is not approved, the board will propose further steps and recommendations. See "PhD elementary rights and duties", and "Provision of the Dean D62".
• In the course of the first year of the PhD study, the student is obliged to elaborate the "Student Review" (subject no. KPA/806 in STAG) focused on the topic of his/her thesis and its broader context. In addition to the literature review (i.e. summary of current state of understanding) on the selected topic, the review must contain major goals of the PhD thesis, including the overview of an appropriate methodology. Sufficient reasoning for selected goals and methodology (on the background of current knowledge) should be provided as well. The review must be written in English. Its extent is not specified. The review should be sent to the supervisor or to the Department of Student Affairs who will submit it to the Program Board for evaluation. For further information, see "PhD elementary rights and duties", and "Provision of the Dean D62".
• Once a year, the PhD student is obliged to present the progress and results of his/her work at the Seminar of the Department, in English. In the second semester of the first year of his/her studies, the student presents the methodology and goals of the dissertation. Credit for fulfillment of the subject called "Doctoral Seminar" (subject no. KPA/805 in STAG) is awarded by the Program Board director, Assoc. Prof. Eva Nováková (not by the guarantor of the subject KPA/181 "Master's Seminar - Parasitology"). See "PhD elementary rights and duties", and "Provision of the Dean D62".
  ! Important notice: the students enroll in the course KPA/805 ONLY IN THE SEMESTERS IN WHICH THEY ARE GOING TO PRESENT.
  In other semesters, the students can attend the seminar (it is automatically assumed and more than welcome :-), but they DO NOT enroll in the course KPA/805 in STAG. The credit is given for presentation, not for attendance.
• Every year, the PhD student submits an "Annual report on the course of the study" on the prescribed form, in which he/she states the fulfillment of his/her duties and briefly describes the progress of his/her PhD study (i.e. completed subjects, fulfillment of pedagogical duties, presentation of results at conferences, publications, internships). This annual report, approved and signed by supervisor, is submitted no later than October 31 to the Department of Student Affairs. In case of reservations, the Program Board will propose further steps and recommendations. See "PhD elementary rights and duties", and "Provision of the Dean D62".! Starting fall 2022, each annual report has to include the updated research plan for the upcoming year, especially the information on the study stay abroad. In addition, the supervisor is obliged to include the funding sources available for the PhD student’s salary and study stay as a part of the Supervisor’s report. !
• Students are obliged to pay attention to the ethics of scientific work, including the publications of the obtained results. They always state the Faculty of Science of the University of South Bohemia as their workplace in all publications related to the topic/content of their dissertation as well as in other outputs. See "PhD elementary rights and duties", and "Provision of the Dean D62".
  
  

Information about the study programme

Programme Director: Assoc. Prof. Eva Nováková, Ph.D.; e-mail: novake01@prf.jcu.cz

Additional information for students:

About the Parasitology study programme

PhD elementary rights and duties

Provision of the Dean D62 (on the organisation of study on the doctoral study programmes at FSci USB)

Provision of the Dean D58 (on the amount of scholarship for the doctoral study programme)

Provision of the Dean D69 (on the setting of fees for discretionary administrative services)

Fee payment details

Provision of the Vice-dean P3 (on the final examination in English on the doctoral study)

Provision of the Vice-dean P6 (on the submission of Ph.D. theses at FSci USB)

COPE - Committee on Publication Ethics - authorship and contributorship informations, How to handle authorship disputes: a guide for new researchers (PDF)

The list of courses of the Doctoral Study Programme:

Based on the recommendation of the admission committee, the student together with his/her supervisor chooses 2-5 compulsory elective doctoral courses, and includes them into his/her Individual Study Plan, which is obligatory after its approval by the Program Board (any further change must be approved by the Program Board). Applicants with the MSc. degree in various biological disciplines often enter this relatively highly specialized DSP Parasitology, therefore, the courses of the Master's study program Parasitology and Molecular Biology are also included among the compulsory elective courses.

The following courses are MANDATORY, and can be enrolled at any time during the whole doctoral study:
KPA/800 Doktorandská praxe
KPA/805 Doktorandský seminář
KPA/806 Literární rešerše
FPR/801 Zahraniční stáž pro dokt. studenty I
FPR/802 Zahraniční stáž pro dokt. studenty II
FPR/803 Zahraniční stáž pro dokt. studenty III
OJZ/950 Doktorandská zkouška z angličtiny
OJZ/940 TOEFL ITP for Doctoral Students - Examination
KPA/907 Vystoupení na mezinárodní konferenci v AJ pro studenty doktorského studia

You can choose from the following COMPULSORY ELECTIVE COURSES:
Courses taught in English:
KPA/176 Biology of Parasitic Protists
KPA/175 Biochemistry and Molecular Biology of Parasites
KPA/172 Microbial Ecology and Genomics
KPA/604 Molecular Phylogenetics
KPA/174 Current Trends in Parasitology Research
KMB/602E Advanced Methods of Molecular Biology 2
Courses taught in Czech:
KPA/176 Biologie parazitických protist
KPA/487 Biochemie a molekulární biologie parazitů
KPA/501 Imunologie parazitóz
KPA/172 Mikrobiální ekologie a genomika
KPA/604 Molekulární fylogenetika
KPA/483 Veterinární parazitologie
KPA/174 Současné trendy v parazitologickém výzkumu
KMB/602 Pokročilé metody molekulární biologie 2
KZO/104 Molekulární metody v zoologii II

Bachelor theses in prep.:

Fedorchenko Varvara. Životní cykly motolic mořských živočichů ve Vysoké Arktidě.
supervisor: Assoc. Prof. Oleg Ditrich, CSc.

Kreslová Šárka. Denní rytmy ve vyplouvání cerkárií vybraných druhů motolic z prvních mezihostitelských plžů.
supervisor: Miroslava Soldánová, MSc., Ph.D.

Rybaříková Veronika. Kvantifikace střevního prvoka, Blastocystis ST3, s využitím qPCR v experimentálních zvířatech, s možnou aplikací na pacienty se střevními záněty.
supervisor: Kateřina Jirků, DVM, Ph.D.

Vyshnevska Viktoriia. Diverzita a fylogenetické vztahy parazitů mořských savců.
supervisor: Jesus Hernándes-Orts, Ph.D.

Zychová Martina. Výskyt hantavirů u hlodavců ve vojenských výcvikových prostorech v ČR a jejich možné riziko pro vojáky konající cvičení na těchto územích.
supervisor: Jana Kvičerová, DVM, Ph.D.

Master theses in prep.:

Bürgerová Monika, Bc. Biodiverzita myxozoí v přehradní nádrži Římov zjištěná analýzou environmentální DNA.
supervisor: Ivan Fiala, RNDr., Ph.D.

Filcová Kristýna, Bc. (Faculty of Agriculture and Technology). Vliv potravy na výskyt gastrointestinálních parazitů u domácích zvířat (psi, kočky, ježci, fretky).
supervisor: Jana Kvičerová, DVM, Ph.D.

Juranová Anna, Bc. Výskyt hantavirů u hlodavců v potravinářských provozech a jejich okolí, a jejich možné riziko pro člověka.
supervisor: Jana Kvičerová, DVM, Ph.D.

Koláčná Karolína, Bc. Biodiverzita a životní cykly mikrosporidií z vodního prostředí.
supervisor: Ivan Fiala, RNDr., Ph.D.

supervisordíková Lucie, Bc. (KMB). Výskyt hantavirů u hlodavců v urbánních oblastech a v lidské populaci.
supervisor: Jana Kvičerová, DVM, Ph.D.

Vargová Hana, Bc. Diverzita linií Trypanosoma cruzi v přirozených vektorech rodu Triatoma na jihu USA.
supervisor: Assoc. Prof. Eva Nováková, Ph.D.

Zadinová Zuzana, Bc. (FSci-Teaching). Porovnání metabolismu symbiontů krevsajícího hmyzu.
supervisor: Prof. RNDr. Václav Hypša, CSc.

Žahourek Jakub, Bc. Gastrointestinální paraziti plazů chovaných v zajetí: detekce, diverzita, distribuce, prevalence a fylogenetické vztahy, klinický stav takto parazitovaných plazů.
supervisor: Jana Kvičerová, DVM, Ph.D.

Ph.D. theses in prep.:

Dobai Tamás, MSc. Proteases and protease inhibitors: major tools for crosstalk between fish hosts and myxozoan parasites.
supervisor: Pavla Sojková, RNDr., Ph.D.

Habib Insan, MSc. Vectors, symbionts, and pathogens: a complex story of Triatominae microbiomes.
supervisor: Assoc. Prof. Eva Nováková, Ph.D.

Kibet Caroline Jepkorir, MSc. eDNA metabarcoding approach for characterisation of diversity and diagnostics of parasitic flatworms (Neodermata) in aquatic ecosystems.
supervisor: Assoc. Prof. Roman Kuchta, Ph.D.

Kundid Petra, MSc. Transmission strategies and environmental factors shaping communities of trematode larvae in freshwater snails.
supervisor: Miroslava Soldánová, MSc., Ph.D.

Maršíková Aneta, RNDr. Diverzita, epidemiologické pozadí a evoluční mechanismy hantavirů hlodavců.
supervisor: Jana Kvičerová, DVM, Ph.D.

Moons Tanisha, MSc. A complex story of Triatominae microbiomes.
supervisor: Assoc. Prof. Eva Nováková, Ph.D.

Nazarizadeh Masoud, MSc. Population genomics of parasite adaption: new insights into diversification and speciation of parasites.
supervisor: Assoc. Prof. Jan Štefka, Ph.D.

Santolíková Anežka, Mgr. Parasitic cnidarians: comparative genomics and host-parasite interaction of unexplored lineages.
supervisor: Astrid Holzer, MSc., Ph.D.

2024

Císařová Zuzana. Příprava rekombinantního proteinu kalcium-dependentní proteinkinázy 5 prvoka Babesia divergens.
vedoucí práce: RNDr. Marie Jalovecká, Ph.D.

Falářová Eliška. Comparative analysis of different extracellular vesicle isolation kits and their effect on the structure of their biomolecular corona.
vedoucí práce: doc. RNDr. Roman Kuchta, Ph.D.

Janovcová Kristýna. Molekulární charakterizace druhů rodu Plagiorchis parazitující první mezihostitelské plže.
vedoucí práce: Mgr. Miroslava Soldánová, Ph.D.

Kotěborská Lenka. Genetická struktura hybridní zóny vší Polyplax serrata.
vedoucí práce: doc. RNDr. Jan Štefka, Ph.D.

Kreslová Šárka. Denní produkce a rytmy ve vyplouvání cerkárií vybraných druhů motolic Opisthioglyphe ranae a Echinoparyphium recurvatum z prvních mezihostitelských plžů.
vedoucí práce: Mgr. Miroslava Soldánová, Ph.D.

Křesťanová Marie. Motilita sporozoitů kryptosporidií.
vedoucí práce: prof. Ing. Martin Kváč, Ph.D.

Vyshnevska Viktoriia. Biology and phylogeny of Anisakis nematodes.
vedoucí práce: doc. RNDr. Roman Kuchta, Ph.D.

Zychová Martina. Cirkulace hantavirů u hlodavců na území vojenského újezdu Hradiště a jejich možné riziko pro vojáky konající cvičení na tomto území.
vedoucí práce: MVDr. Jana Kvičerová, Ph.D.

Žirovnická Tereza. Značení Babesia divergens kalcium-dependentní proteinkinázy 5 (BdCDPK5) metodou knock-in.
vedoucí práce: RNDr. Marie Jalovecká, Ph.D.

2023

Dedecius Damián. Struktura mikrobiomů odlišných genetických linií vší Polyplax serrata.
supervisor: Prof. RNDr. Václav Hypša, CSc.

Hniličková Kateřina. Produkce rekombinantního CSL proteinu ze signální dráhy Notch u druhu Sphaerospora molnari (Cnidaria: Myxozoa).
supervisor: RNDr. Alena Lövy, Ph.D.

Vránková Kateřina. Ekologie evolučních strategií parazitů: prevalence specializované a generalistické linie vši Polyplax serrata na myšicích r. Apodemus.
supervisor: doc. RNDr. Jan Štefka, Ph.D.

2022

Borsodi Šárka. Vývoj fluorescenční reportérové linie Babesia divergens.
supervisor: RNDr. Marie Jalovecká, Ph.D.

Bušková Nikol. Extracellular vesicles during the ontogeny of the tapeworm Schistocephalus solidus.
supervisor: Mgr. Hynek Mazanec

Furiková Natálie. Porovnání genomických evolučních změn a metabolické kapacity symbiotických bakterií rodu Legionella u vší.
supervisor: prof. RNDr. Václav Hypša, CSc.

Kordíková Lucie. Kokcidie ptáků Galapág.
supervisor: MVDr. Jana Kvičerová, Ph.D.

Křečková Tereza. Pilotní analýza kalcium-dependentních proteinkináz prvoka Babesia divergens.
supervisor: RNDr. Marie Jalovecká, Ph.D.

Schürz Robin (Biological Chemistry). Comparison of metabolic pathways in insect symbiotic bacteria.
supervisor: prof. RNDr. Václav Hypša, CSc.

Šejnohová Anna. Výskyt střevního prvoka Blastocystis sp. u primátů v zajetí.
supervisor: MVDr. Kateřina Jirků, Ph.D.

2021

Bouberlová Kateřina. Diverzita a evoluce myxozoí v ancestrálních hostitelích: retrospektivní pohled do evoluce žahavců.
supervisor: RNDr. Pavla Sojková, Ph.D.

Branišová Vendula. Motolice čeledi Hemiuridae na Svalbardu.
supervisor: doc. RNDr. Oleg Ditrich, CSc.

Bürgerová Monika. Myxozoa parazitující na rybách v přehradních nádržích v deltě řeky Rýna: morfologická a molekulární charakterizace.
supervisor: Mgr. Martina Lisnerová

Filcová Kristýna (KBD FZE). Původci svrabu u domácích zvířat (psi, kočky, drobní savci).
supervisor: MVDr. Jana Kvičerová, Ph.D.

Tesařová Šárka. Kokcidie u myší domácích (Mus musculus): detekce, diverzita, distribuce, prevalence a fylogenetické vztahy.
supervisor: MVDr. Jana Kvičerová, Ph.D.

Zadinová Zuzana. Rekonstrukce metabolických drah bakterií Legionella polyplacis a Candidatus Riesia pediculischaeffi, symbiontů vší.
supervisor: prof. RNDr. Václav Hypša, CSc.

Žánová Veronika. Střevní paraziti ptáků na Svalbardu.
supervisor: doc. RNDr. Oleg Ditrich, CSc.

2020

Koláčná Karolína. Mikrosporidiální infekce akvarijních ryb se zaměřením na Pleistophora hyphessobryconis.
supervisor: RNDr. Ivan Fiala, Ph.D.

Wolfová Stanislava. Biogeografie a populační diverzita v systému parazit - hostitel: ektoparazité galapážských hrdliček.
supervisor: doc. RNDr. Jan Štefka, Ph.D.

2019

Čenková Miroslava. Mnohobuněční parazité akvarijních ryb rodu Symphysodon a životní cyklus tasemnice Schyzocotyle acheilognathi.
supervisor: doc. RNDr. Roman Kuchta, Ph.D.

Flegrová Tereza. Analýza populační struktury parazita Dicyema moschatum v hostiteli Eledone moschata pomocí mikrosatelitních markerů.
supervisor: Mgr. Marie Drábková

Kamiš Jan. Fylogenetické vztahy kokcidií parazitujících u myšice temnopásé (Apodemus agrarius) na základě sekvencí COX3 genu.
supervisor: MVDr. Jana Kvičerová, Ph.D.

Limpouchová Zlata. Diverzita kryptosporidií u pěvců.
prof. Ing. Martin Kváč, Ph.D.

Novotný David. Životní cyklus a diverzita motolic čeledi Opecoelidae na Svalbardu.
supervisor: doc. RNDr. Oleg Ditrich, CSc.

2018

Charvátová Klára. Variabilita TLR2 receptoru u hrabošovitých hlodavců (Arvicolinae) napříč Evropou, v závislosti na parazitovanosti hostitele.
supervisor: MVDr. Jana Kvičerová, Ph.D.

Jachníková Nikola. Porovnání populační struktury hostitele a parazita na systému Sépie obecná – Dicyemida.
supervisor: Mgr. Marie Drábková

Tomancová Veronika. Diverzita kryptosporidií parazitujících u divokých kachen.
supervisor: prof. Ing. Martin Kváč, Ph.D.

2017

Juhaňáková Eliška. Mikrobiomy komářích hostitelů: metodologická revize dosavadní praxe s využítím amplikonového sekvenování na Illumina platformách.
supervisor: doc. RNDr. Eva Nováková, Ph.D.

Křepelková Simona. Diverzita mikrobiomů vybraných druhů ovádů (Diptera: Tabanidae) a její vliv na přenos trapanosom (Trypanosoma sp.).
supervisor: doc. RNDr. Eva Nováková, Ph.D.

Levá Jana. Sledování změn genové exprese interleukinu 10 u potkana jako modelového organizmu v průběhu infekce tasemnicí Hymenolepis diminuta.
supervisor: MVDr. Kateřina Jirků, Ph.D.

Řežábková Lucie. Molekulárně-fylogenetická charakteristika izolátu Hymenolepis diminuta udržovaného v laboratorních podmínkách.
supervisor: MVDr. Kateřina Jirků, Ph.D.

Škochová Veronika. Mikrobiomy krevsajících ploštic podčeledi Triatominae.
supervisor: doc. RNDr. Eva Nováková, Ph.D.

Žižková Kateřina. Diverzita a populační struktura bakteriálních symbiontů vší rodu Polyplax.
supervisor: doc. RNDr. Eva Nováková, Ph.D.

2016

Lhotská Zuzana. Axenizace buněk střevního prvoka rodu Blastocystis.
supervisor: MVDr. Kateřina Jirků, Ph.D.

Machová Kamila. RNA biology of symbiotic bacteria in insects.
supervisor: RNDr. Filip Husník, Ph.D.

Morávková Veronika. Diversity and geographical distribution of tapeworms of the order Diphyllobothriidea in Pinnipedia.
supervisor: doc. RNDr. Oleg Ditrich, CSc.

Růžková Jiřina. Zavedení vhodného experimentálního in vivo modelu pro studium střevního prvoka rodu Blastocystis.
supervisor: MVDr. Kateřina Jirků, Ph.D.

Školková Simona. Améby skupiny Euamoebida (Amoebozoa, Tubulinea): vývoj názorů na jejich taxonomii a fylogenezi.
supervisor: Mgr. Martin Kostka, Ph.D.

2015

Hoblíková Aneta (now Trefancová). Fylogenetické vztahy kokcidií rodu Eimeria a Isospora u hlodavců z podčeledi Arvicolinae.
supervisor: MVDr. Jana Kvičerová, Ph.D.

Jedličková Martina (now Lisnerová). Fylogeneze améb čeledi Flabellulidae.
supervisor: Mgr. Martin Kostka, Ph.D.

Ježková Jana. Biologie a diverzita kryptosporidií suchozemských želv.
supervisor: prof. Ing. Martin Kváč, Ph.D.

Kočová Pavlína. Genetická struktura populací tasemnice Ligula intestinalis.
supervisor: doc. RNDr. Jan Štefka, Ph.D.

Říhová Jana. Symbiotické bakterie vší rodu Polyplax: Základní fylogenetická a genomická charakterizace.
supervisor: prof. RNDr. Václav Hypša, CSc.

Zemanová Zuzana (now Šmejkalová). Detection and quantification of tick-transmitted pathogens from the selected localities of the Czech Republic.
supervisor: RNDr. Ondřej Hajdušek, Ph.D.

2014

Huclová Kristýna. Kryptosporidiové infekce ježků.
supervisor: prof. Ing. Martin Kváč, Ph.D.

Kyslík Jiří. Nové fylogenetické markery pro rekonstrukci fylogeneze myxozoí.
supervisor: RNDr. Ivan Fiala, Ph.D.

Maršíková Aneta. Fylogeneze a populační struktura krevních parazitů suchozemských želv rodu Testudo.
supervisor: MVDr. Jana Kvičerová, Ph.D.

Slabá Hana. Identifikace genu pro nový peptid, TILIr, s inhibiční aktivitou proti serinovým proteázám v klíštěti Ixodes ricinus.
supervisor: Nataliia Rudenko, Ph.D.

Šochová Eva. Intracelulární symbionti krevsajících dvoukřídlých skupiny Hippoboscoidea.
supervisor: RNDr. Filip Husník, Ph.D.

Tichá Lucie. Senzitivita spirochét komplexu Borrelia burgdorferi sensu lato ke komplementu různých druhů domácích i divokých zvířat a člověka: vztah hostitel-patogen.
supervisor: Nataliia Rudenko, Ph.D.

Vejsada Lukáš. Parazitace a diverzita v genech MHC u drobných hlodavců.
supervisor: doc. RNDr. Jan Štefka, Ph.D.

2012

Matějková Michaela (now Fickerová). Koevoluce hlodavců a jejich ektoparazitů na populační úrovni.
supervisor: doc. RNDr. Jan Štefka, Ph.D.

Mynářová Anna (now Jandová). Vliv blízkého kontaktu člověka s lidoopy na mikrosporidiové a kryptosporidiové infekce.
supervisor: prof. Ing. Martin Kváč, Ph.D.

Šedivá Pavla. Porovnání metod pro fixaci a přípravu vzorků tasemnic pro skenovací elektronovou mikroskopii.
supervisor: doc. RNDr. Roman Kuchta, Ph.D.

2011

Čapková Lenka. Virus klíšťové encefalitidy v urbánní oblasti Českých Budějovic.
supervisor: prof. RNDr. Libor Grubhoffer, CSc.

Jíchová Michaela. Hostitelské spektrum a geografické rozšíření tasemnice Bothriocephalus acheilognathi (Cestoda: Bothriocephalidea).
supervisor: doc. RNDr. Roman Kuchta, Ph.D.

Leštinová Kateřina. Charakterizace defensinu klíštěte Dermacentor marginatus.
supervisor: Mgr. Tereza Chrudimská (roz. Matějovská)

Myšková Eva. Paleoparazitologická analýza organických sedimentů archeologického naleziště na Národní třídě, Praha.
supervisor: doc. RNDr. Oleg Ditrich, CSc.

Pelikánová Markéta. Mikrosporidiové infekce lidí.
supervisor: RNDr. Bohumil Sak, Ph.D.

Šarounová Petra. Effect of temperature on emergence of cercariae.
supervisor: Aneta Kostadinova, Ph.D.

Tesařová Zuzana (now Radičová). Významné proteiny klíšťat jako inspirace pro biomedicínu.
supervisor: prof. RNDr. Libor Grubhoffer, CSc.

Zikmundová Jana (now Roháčová). Is there a soldier cast in freshwater echinostome trematodes?
supervisor: Aneta Kostadinova, Ph.D.

2010

Barankiewicz Miroslav. Ekologie krevních protist skokanů Pelophylax ridibundus.
supervisor: Mgr. Miloslav Jirků, Ph.D.

Husník Filip. Molekulární fylogeneze primárních endosymbiontů hmyzu.
supervisor: prof. RNDr. Václav Hypša, CSc.

Mácová Anna. Kokcidie u myšovitých hlodavců rodu Apodemus.
supervisor: MVDr. Jana Kvičerová, Ph.D.

2009

Havran Jiří. Identifikace a izolace genu kódujícího peroxiredoxin, detoxifikačního enzymu zapojeného do antioxidativní obrany klíštěte Ixodes ricinus.
supervisor: Nataliia Rudenko, Ph.D.

Chromá Věra. Dynamika zastoupení CD4 a CD8 T-lymfocytů ve střevě a mesenterických lymfatických uzlinách u králíčat různého věku infikovaných kokcidiemi Eimeria intestinalis a E. flavescens.
supervisor: RNDr. Michal Pakandl, CSc.

Jalovecká Marie. Imunitní odpověď myší na infekci žaludečními kryptosporidiemi.
supervisor: prof. Ing. Martin Kváč, Ph.D.

Jedličková Lucie. Izolace a analýza genu Salp25D, homologu glutathionperoxidázy, klíštěte obecného Ixodes ricinus.
supervisor: Nataliia Rudenko, Ph.D.

Kociánová Jitka. Osud oocyst kryptosporidií v prostředí, při kontaktu s různými skupinami bezobratlých.
supervisor: doc. RNDr. Oleg Ditrich, CSc.

Máca Ondřej. Parazitičtí korýši sladkovodních ryb neotropické oblasti.
supervisor: doc. RNDr. Roman Kuchta, Ph.D.

Skála Benjamín. Molekulární fylogenetika primárních endosymbiontů hmyzu.
supervisor: prof. RNDr. Václav Hypša, CSc.

Šrámová Eliška. Genotypizace izolátů Giardia intestinalis.
supervisor: doc. RNDr. Oleg Ditrich, CSc.

2008

Bednářová Andrea. Vývoj cerkárií motolic v prvním mezihostiteli: současný stav znalostí a perspektivy.
supervisor: RNDr. Anna Faltýnková, Ph.D.

Burianová Alena. Srovnávací studium tasemnic rodů Polyonchobothrium, Senga a Tetracampos (Cestoda: Bothriocephalidea), cizopasníků sladkovodních ryb Afriky a Asie.
supervisor: doc. RNDr. Roman Kuchta, Ph.D.

Černotíková Eva. Možnosti využití HPMPA v terapii mikrosporidiózy.
supervisor: doc. RNDr. Oleg Ditrich, CSc.

Dupejová Jarmila (now Štěrbová). Izolace a biochemická charakteristika proteinů FREP u klíštěte Dermacentor marginatus.
supervisor: prof. RNDr. Libor Grubhoffer, CSc.

Marvanová Tereza (now Kreysová). Genealogická struktura populací parazitického hlísta Hemonchus contortus.
supervisor: prof. RNDr. Václav Hypša, CSc.

Moravcová Lenka. Trachipleistophora hominis v kultuře in vitro.
supervisor: RNDr. Bohumil Sak, Ph.D.

Papáčková Zuzana. Mikrosporidiové infekce prasat.
supervisor: RNDr. Bohumil Sak, Ph.D.

Rozkošná Petra. Žaberní monogenea cichlidy Cichlasoma amazonarum z peruánské části Amazonie.
supervisor: prof. RNDr. Tomáš Scholz, CSc.

Smrčková Jana. Ovlivňuje heterogenita ribozomálních genů fylogenetické analýzy sekundárních symbiontů hmyzu?
supervisor: prof. RNDr. Václav Hypša, CSc.

Suchanová Eva. Ultrastruktura spermiogeneze a spermie motolice Aspidogaster limacoides (Trematoda, Aspidogastrea).
supervisor: Céline Levron, Ph.D.

Šípková Lenka. Spermiogeneze a ultrastruktura spermií tasemnice Parabothriocephalus gracilis (Eucestoda), cizopasníka bathypelagické ryby Psenopsis anomala.
supervisor: Céline Levron, Ph.D.

2007

Beránková Kateřina. Možnosti využití HPMPA v terapii kryptosporidiózy.
supervisor: doc. RNDr. Oleg Ditrich, CSc.

Brůčková Petra. Role vířníků při filtraci oocyst kryprosporidií ve vodním sloupci.
supervisor: doc. RNDr. Oleg Ditrich, CSc.

Bučinská Lenka. Spirochéty Lymeské boreliózy: kultivace in vitro, molekulární identifikace druhového složení izolátů a pokus o průkaz vázat sacharidy.
supervisor: Nataliia Rudenko, Ph.D.

Drobníková Petra. Vitelocyty karyofylidních tasemnic.
supervisor: RNDr. Magdaléna Bruňanská, CSc.

Jirsová Dagmar. Molekulární fylogeneze motolic čeledi Opisthorchiidae a Heterophyidae.
supervisor: prof. RNDr. Tomáš Scholz, Ph.D.

Kašičková Denisa (now Sýkorová). Mikrosporidiové infekce ptáků: prevalence u volně žijících, synantropních a v zajetí chovaných druhů.
supervisor: doc. RNDr. Oleg Ditrich, CSc.

Kodádková Alena (now Lövy). Výskyt kryptosporidií u exotických zvířat chovaných v zoologických zahradách.
supervisor: doc. RNDr. Oleg Ditrich, CSc.

Martinů Jana. Parazitičtí roztoči vyvolávající patogenní léze u divoce žijících ptáků.
supervisor: RNDr. František Dusbábek. DrSc.

Ondráčková Zuzana. Infektivita Cryptosporidium andersoni pro různé druhy hlodavců.
supervisor: prof. Ing. Martin Kváč, Ph.D.

Šurganová Michaela. Vztah mezi symbiotickou bakterií Arsenophonus triatominarum a jejím hostitelem.
supervisor: prof. RNDr. Václav Hypša, CSc.

Tyml Tomáš. Nálevníci z žaber mořských ryb simultánně kolonizovaných amfizoickými amébami.
supervisor: MVDr. Iva Dyková, DrSc.

Vodička Tomáš. Sledování dynamiky imunitní odpovědi vůči infekci Eimeria intestinalis a Eimeria flavescens u králíků metodou blastické transformace.
supervisor: RNDr. Michal Pakandl, CSc.

Zajícová Hana (now Pechová). Manipulace hostitele Deroceras reticulatum infekcí Phasmarhabditis hermaphrodita. Vliv způsobu usmrcení D. reticulatum na potravní nabídku pro potenciální bezobratlé mrchožrouty.
supervisor: RNDr. Pavel Foltan, Ph.D.

2006

Jelínková Alena. Srovnání endogenního vývoje původního kmene a oslabené linie králičí kokcidie Eimeria piriformis.
supervisor: RNDr. Michal Pakandl, CSc.

Nováková Eva. Distribuce a fylogeneze bakterie rodu Arsenophonus u hostitelských skupin Hippoboscidae a Nycteribiidae (Hippoboscoidea, Diptera).
supervisor: prof. RNDr. Václav Hypša, CSc.

Richterová Lenka. Posouzení vhodnosti modelu kuřat imunosuprimovaných cyklosporinem A pro studium infekce mikrosporidií Encephalitozoon hellem.
supervisor: doc. RNDr. Oleg Ditrich, CSc.

Ryvolová Kamila. Interakce mezi mlži a kryptosporidiemi.
supervisor: doc. RNDr. Oleg Ditrich, CSc.

Šubrtová Karolína. Vliv extraktu ze slinných žláz (SGE) klíštěte Ixodes ricinus na vývoj apoptózy indukované boreliovou infekcí.
supervisor: prof. RNDr. Jan Kopecký, CSc.

Vlčková Romana. Morfometrická analýza eurasijských druhů tasemnic rodu Triaenophorus (Cestoda: Pseudophyllidea).
supervisor: prof. RNDr. Tomáš Scholz, CSc.

2005

Hönig Václav. Analýza mezidruhových rozdílů spirochét lymské boreliózy metodami molekulární biologie.
supervisor: Nataliia Rudenko, Ph.D.

Chrudimský Tomáš. Heteroxenous coccidia of genus Sarcocystis in poikilotherm hosts as a model of coevolution of host and parasite.
supervisor: prof. Ing. Miroslav Oborník, Ph.D.

Mach Jan. Fylogenetická analýza genů LSU rDNA a myosin heavy chain type II u vybraných druhů myxosporeí.
supervisor: RNDr. Ivan Fiala, Ph.D.

Štěpánová Věra. Vnitrodruhová variabilita Cryptosporidium andersoni.
supervisor: doc. RNDr. Oleg Ditrich, CSc.

2004

Kopečná Jana. Sporocyst excystation structures and phylogeny of coccidia from reptilian and invertebrate hosts determined by nuclear SSU rDNA sequences.
supervisor: prof. Ing. Miroslav Oborník, Ph.D.; prof. MVDr. David Modrý, Ph.D.

.

2024

Bürgerová Monika. Biodiverzita myxozoí v přehradní nádrži Římov zjištěná analýzou envoronmentální DNA.
supervisor: RNDr. Ivan Fiala, Ph.D.

Křečková Tereza. Vliv inhibitorů kalcium-dependentních kináz na vývoj babesií.
supervisor: RNDr. Marie Jalovecká, Ph.D.

Šejnohová Anna. Střevní prvok Blastocystis sp. u nehumánních primátů a jejich ošetřovatelů v českých zoologických zahradách.
supervisor: MVDr. Kateřina Jirků, Ph.D.

Vargová Hana. Diverzita linií Trypanosoma cruzi v přirozených vektorech rodu Triatoma na jihu Spojených států amerických (USA).
supervisor: doc. RNDr. Eva Nováková, Ph.D.

2023

Branišová Vendula. Charakterizace mitochondriálního genomu vybraných myxozoí.
supervisor: RNDr. Ivan Fiala, Ph.D.

Farmadin Natália. Mikrobiómy krvsajúcich členovcov z púštnych oblastí Spojených štátov amerických.
supervisor: doc. RNDr. Eva Nováková, Ph.D.

Tesařová Šárka. Gastrointestinální paraziti a střevní mikrobiom jako ukazatelé zhodnocení dopadů přikrmování veřejností na populaci sysla obecného.
supervisor: MVDr. Jana Kvičerová, Ph.D.

Žánová Veronika. Sledování proměnlivosti diverzity myxozoí na toku řeky Malše analýzou environmentální DNA.
supervisor: RNDr. Ivan Fiala, Ph.D.

2022

Kamiš Jan. Hlodavci jako rezervoár hantavirů.
supervisor: MVDr. Jana Kvičerová, Ph.D.

Morávková Veronika. Analysis of genetic diversity of Borrelia burgdorferi sensu lato and Borrelia miyamotoi using multilocus sequence typing (MLST) in range of Slovakia and data from the MLST database with a focus on Central and Eastern Europe.
supervisor: MVDr. Girma Belay, CSc.

Novotný David. Životní cyklus motolice Anomalotrema koiae Gibson & Bray, 1984 (Digenea: Opecoelidae) na souostroví Svalbard.
supervisor: doc. RNDr. Oleg Ditrich, CSc.

2021

Charvátová Klára. Kokcidie rodu Eimeria parazitující u myšic a hrabošovitých hlodavců v oblasti "kontaktní zóny".
supervisor: MVDr. Jana Kvičerová, Ph.D.

Křepelková Simona. Vliv ekologických a environmentálních faktorů na mikrobiomy vybraných členovců.
supervisor: doc. RNDr. Eva Nováková, Ph.D.

Limpouchová Zlata. Kryptosporidie a kryptosporidióza hospodářsky chovaných a zdivočelých nutrií.
supervisor: prof. Ing. Martin Kváč, Ph.D.

Žižková Kateřina. Vliv potravní preference všenek (Phthiraptera: Amblycera) na formování jejich mikrobiomů.
supervisor: doc. RNDr. Eva Nováková, Ph.D.

2020

Juhaňáková Eliška. Evoluce symbiotických bakterií krevsajícího dvoukřídlého hmyzu.
supervisor: prof. RNDr. Václav Hypša, CSc.

Škochová Veronika. Dynamika mikrobiomů nejvýznamnějších přenašečů T. cruzi na území Spojených států amerických (podčeleď Triatominae).
supervisor: doc. RNDr. Eva Nováková, Ph.D.

Uhrová Lucie. Evoluční historie a molekulární fylogeneze nearktických zástupců tasemnic skupiny Onchoproteocephalidea.
supervisor: RNDr. Jan Brabec, Ph.D.

Vyhlídalová Tereza. Srovnání periodicity ve vyplouvání a reprodukce cerkárií rodu Diplostomum z prvního mezihostitele, plže rodu Radix, v jezerech mírného a subarktického pásu.
supervisor: Mgr. Miroslava Soldánová, Ph.D.

2019

Brdíčková Klára. Role zánětu v aktivaci latentní mikrosporidiozy způsobené Encephalitozoon cuniculi u imunokompetentních a imunodeficitních myší.
supervisor: RNDr. Bohumil Sak, Ph.D.

Heinclová Pavla. Vliv přímé predace různými predátory na populace cerkárií vybraných druhů motolic (Digenea).
supervisor: Mgr. Miroslava Soldánová, Ph.D.

Hoblíková Aneta (now Trefancová). Morfologické znaky a populačně-genetická struktura kokcidií parazitujících u hrabošovitých hlodavců; objasnění původu isosporových infekcí u hrabošovitých hlodavců.
supervisor: MVDr. Jana Kvičerová, Ph.D.

2018

Kočová Pavlína. Populačně-genomická analýza generalistického parazita - tasemnice Ligula intestinalis.
supervisor: doc. RNDr. Jan Štefka, Ph.D.

Lhotská Zuzana. Studium střevních prvoků rodu Blastocystis v mikrobiomu člověka.
supervisor: MVDr. Kateřina Jirků, Ph.D.

Mazanec Hynek. Molecular and morphological characterisation of digeneans of the family Strigeidae Railliet, 1919 from Iceland.
supervisor: RNDr. Anna Faltýnková, Ph.D.

Říhová Jana. Evoluce genomu bakteriálních symbiontů vší rodu Polyplax serrata.
supervisor: prof. RNDr. Václav Hypša, CSc.

Smolenová Štěpánka. Analýza infekčního potenciálu klonu "evropského" druhu B. garinii izolovaného ze severoamerických hlodavců s využitím laboratorních modelů infikovaných savců.
supervisor: Nataliia Rudenko, Ph.D.

Vejsada Lukáš. Diverzita MHC alel a parazitace v populacích drobných hlodavců.
supervisor: doc. RNDr. Jan Štefka, Ph.D.

2017

Cibulková Lucie. Diverzita larvárních stádií motolic (Digenea) v plicnatých plžích z mokřadů řeky svatého Vavřince, Kanada.
supervisor: Simona Georgieva, Ph.D.

Jedličková Martina (now Lisnerová). Lokalizace a kvantifikace rybomorky Sphaerospora molnari (Myxozoa) u kapra obecného.
supervisor: RNDr. Ivan Fiala, Ph.D.

Ježková Jana. Diverzita kryptosporidií volně žijících hlodavců rodu Rattus.
supervisor: prof. Ing. Martin Kváč, Ph.D.

Slabá Hana. Characterisation of novel serpin TILIr and its relatives from the superfamily of serine protease inhibitors from Ixodes ricinus tick.
supervisor: Nataliia Rudenko, Ph.D.

2016

Kyslík Jiří. Fylogeneze myxozoí založená na genech specifických pro žahavce.
supervisor: RNDr. Ivan Fiala, Ph.D.

Maršíková Aneta. Haemogregariny parazitující u želv rodu Pelusios: fylogenetické vztahy, morfologie a hostitelská specifita.
supervisor: MVDr. Jana Kvičerová, Ph.D.

Mynářová Anna (now Jandová). Prevalence a diverzita kryptosporidií, giardií a mikrosporidií u orangutanů (Pongo spp.) a vliv vybraných rostlinných extraktů na průběh experimentální infekce Encephalitozoon cuniculi u BALB/c myší.
supervisor: prof. Ing. Martin Kváč, Ph.D.

Šochová Eva. Genomika symbiotických bakterií krevsajícího hmyzu.
supervisor: RNDr. Filip Husník, Ph.D.

Tichá Lucie. Citlivost spirochet komplexu Borrelia burgdorferi sensu lato k lidskému komplementu: infekční potenciál vybraných druhů.
supervisor: Nataliia Rudenko, Ph.D.; Maryna Golovchenko, MSc.

Tomková Tereza. Morfologická a molekulární charakterizace druhů rodu Ceratomyxa (Myxozoa) u ryb z čeledi Clinidae z pobřeží Jižní Afriky.
supervisor: RNDr. Ivan Fiala, Ph.D.

Ťápal Jiří. Optimalizace přenosového modelu B. microti.
supervisor: RNDr. Ondřej Hajdušek, Ph.D.

2015

Matějková Michaela (now Fickerová). Koevoluce mezi ektoparazity a drobnými hlodavci rodů Microtus a Clethrionomys na populační úrovni.
supervisor: doc. RNDr. Jan Štefka, Ph.D.

2014

Čapková Lenka. Monozoické tasemnice rodu Monobothrium (Cestoda: Caryophyllidea) z Palearktické a Nearktické zoogeografické oblasti.
supervisor: prof. RNDr. Tomáš Scholz, CSc.

Leštinová Kateřina. Morfologická analýza vajíček tasemnic řádu Diphyllobothriidea.
supervisor: doc. RNDr. Roman Kuchta, Ph.D.

Myšková Eva. Střevní paraziti obratlovců na Svalbardu.
supervisor: doc. RNDr. Oleg Ditrich, CSc.

Zikmundová Jana (now Roháčová). Molecular and morphological characterisation of species of Plagiorchis Lühe, 1899 (Digenea: Plagiorchiidae) in lymnaeid snails from freshwater ecosystems in central Europe.
supervisor: Aneta Kostadinova, Ph.D.

2013

Cabezas Cruz Alejandro. Cellular and molecular characterization of Ehrlichia mineirensis, a new organism isolated from Rhipicephalus ( Boophilus) microplus ticks.
supervisor: prof. RNDr. Libor Grubhoffer, CSc.

Mácová Anna. Phylogenetic relationships and population structure of coccidia in rodent families Muridae and Arvicolidae.
supervisor: MVDr. Jana Kvičerová, Ph.D.

2012

Husník Filip. Molecular evolution of intracellular symbiotic bacteria in insects.
supervisor: prof. RNDr. Václav Hypša, CSc.

Jalovecká Marie. Vývoj protektivní imunitní odpovědi v žaludečním epitelu myší infikovaných Cryptosporidium muris a Cryptosporidium andersoni.
supervisor: prof. Ing. Martin Kváč, Ph.D.

2011

Bednářová Andrea. Životní strategie motolic (Digenea) se zaměřením na vývojové stádium cerkárie.
supervisor: RNDr. Anna Faltýnková, Ph.D.

Havran Jiří. Detekce spirochét lymské boreliózy v klinických vzorcích metodami PCR a optimalizace podmínek kultivace borelií ze vzorků pacientů s příznaky lymské boreliózy.
supervisor: Nataliia Rudenko, Ph.D.

Kotková Michaela. Průběh mikrosporidiozy způsobené Encephalitozoon cuniculi u imunokompetentích a imunodeficitních myší.
supervisor: RNDr. Bohumil Sak, Ph.D.

Marvanová Tereza (now Kreysová). Genetická struktura a geografická variabilita populací parazitické hlístice Haemonchus contortus.
supervisor: prof. RNDr. Václav Hypša, CSc.

Moravcová Lenka. Vnímavost různých kmenů myši domácí středoevropské (Mus musculus musculus) a myši domácí západoevropské (Mus musculus domesticus) k infekci Cryptosporidium mouse genotype I.
supervisor: RNDr. Bohumil Sak, Ph.D.

Šípková Lenka. Spermatological characters in Bothriocephalidea (Cestoda).
supervisor: Céline Levron, Ph.D.

2010

Bučinská Lenka. Analýza glykoproteinů ze slinných žláz klíštěte Ixodes ricinus.
supervisor: RNDr. Marie Vancová, Ph.D.

Černotíková Eva. Molekulární fylogeneze vybraných druhů rybích hlístic podřádu Spirurina na bázi SSU rRNA genů.
supervisor: RNDr. František Moravec, CSc.

Drobníková Petra. Vitelogeneze karyofylidních tasemnic.
supervisor: RNDr. Magdaléna Bruňanská, CSc.

Rozkošná Petra. Srovnávací studie ektoparazitů (Monogenea) cichlidních ryb z peruánské Amazonie.
supervisor: prof. RNDr. Tomáš Scholz, CSc.

Tyml Tomáš. Myxosporeové infekce rejskovitých (Soricidae).
supervisor: MVDr. Iva Dyková, DrSc.

2009

Jirsová Dagmar. Fylogenetické vztahy malých střevních motolic čeledi Heterophyidae se zaměřením na taxonomii komplexu rodu Ascocotyle.
supervisor: prof. RNDr. Tomáš Scholz, CSc.

Kašičková Denisa (now Sýkorová). Mikrosporidiové infekce exotických ptáků.
supervisor: doc. RNDr. Oleg Ditrich, CSc.

Kodádková Alena (now Lövy). Úloha CD4+ a CD8+ T-lymfocytů v imunitní odpovědi při žaludeční kryptosporidióze savců.
supervisor: prof. Ing. Martin Kváč, Ph.D.

Martinů Jana. Parazito-hostitelská koevoluce mezi vešmi druhu Polyplax serrata a myšicemi rodu Apodemus.
supervisor: doc. RNDr. Jan Štefka, Ph.D.

Ondráčková Zuzana. Prevalence and molecular characterization of Cryptosporidium spp. in dairy cattle in South Bohemia, the Czech Republic.
supervisor: prof. Ing. Martin Kváč, Ph.D.

Richterová Lenka. Functional Analysis of Mitochondrial Ribosome of Trypanosoma brucei.
supervisor: prof. RNDr. Julius Lukeš, CSc.

Šťastná Hana (now Tykalová). Změny globální genové exprese v lidských neurálních buňkách po infekci virem klíšťové encefalitidy.
supervisor: doc. RNDr. Daniel Růžek, Ph.D.

Šubrtová Karolína. Využití technologie cDNA vakcín pro imunizaci vybranými proteiny klíštěcích slin.
supervisor: prof. RNDr. Jan Kopecký, CSc.

2008

Jelínková Alena. Endogenní vývoj králičí kokcídie Eimeria exigua.
supervisor: RNDr. Michal Pakandl, CSc.

Nováková Eva. Arsenophonus, an emerging clade of intracellular symbionts with a broad host distribution.
supervisor: prof. RNDr. Václav Hypša, CSc.

Vlčková Romana. Revize bothriocephalidních tasemnic (Eucestoda: Bothriocephalidea) z ryb rodu Saurida.
supervisor: doc. RNDr. Roman Kuchta, Ph.D.

2006

Bendová Jana. Interakce rybích fagocytů s trofozoity a cystami Acanthamoeba sp.: Studium mikrobicidních mechanismů in vitro.
supervisor: MVDr. Iva Dyková, DrSc.

Brabec Jan. Paraphyly of pseudophyllidean tapeworms: testing a phylogenetic hypothesis using sequence data (18S & 28S rDNA).
supervisor: prof. RNDr. Tomáš Scholz, CSc.

Paris Zdeněk. Expression system in Leishmania tarentolae.
supervisor: prof. RNDr. Julius Lukeš, CSc.

Wijová Martina. Evolutionary relationships of Spirurina (Nematoda: Chromadorea: Rhabditida) with special emphasis on dracunculoid nematodes inferred from SSU rRNA gene sequences.
supervisor: RNDr. František Moravec, DrSc.

2005

Cihlářová Věra. A novel approach to qualitative real-time RT-PCR detection of tick-borne encephalitis virus in tick and patient samples.
supervisor: prof. RNDr. Libor Grubhoffer, CSc.

Folková Dagmar. Role prohibitinu u procyklických stádií Trypanosoma brucei brucei.
supervisor: prof. RNDr. Julius Lukeš, CSc.

Franta Zdeněk. "Mucin-like peritrophin" from the soft tick Ornithodoros moubata.
supervisor: RNDr. Petr Kopáček, CSc.

Chmelař Jindřich. Identifikace imunomodulačních molekul ze slin klíštěte Ixodes ricinus.
supervisor: prof. RNDr. Jan Kopecký, CSc.

Křížek Jaroslav. Molekulární fylogeneze bakteriálních endosymbiontů vší a charakteristika jejich genomu.
supervisor: prof. RNDr. Václav Hypša, CSc.

Pindová Zuzana. Améby rodu Hartmannella Alexeieff, 1912: druhová determinace kmenů izolovaných z orgánů ryb a detekce améb v tkáňových lezích pomocí hybridizace in situ.
supervisor: MVDr. Iva Dyková, DrSc.

Šebestová Barbora. Mikrosporidiové infekce ve vodním prostředí.
supervisor: doc. RNDr. Oleg Ditrich, CSc.

Uhlířová Michaela. Srovnávací studie oxyuroidních hlístic (Nematoda: Oxyuroidea) plazů z Ázerbajdžánu a vybraných oblastí Blízkého východu.
supervisor: prof. RNDr. Tomáš Scholz, CSc.

2023

Mazanec Hynek. Isolation and characterization of extracellular vesicles of Hymenolepis diminuta.
supervisor: doc. RNDr. Roman Kuchta, Ph.D.

Říhová Jana. Genome evolution of endosymbiotic bacteria in blood-sucking insects.
supervisor: prof. RNDr. Václav Hypša, CSc.

2022

Drábková Marie. Evolution and phylogeny of Mesozoa.
supervisor: doc. RNDr. Jan Štefka, Ph.D.

Kyslík Jiří. Bioinformatics and functional characterization of taxonomically-restricted genes in Myxozoa.
supervisor: RNDr. Ivan Fiala, Ph.D.

Lisnerová Martina. Biodiversity of Myxozoa based on extensive screening of fish and environmental samples.
supervisor: RNDr. Ivan Fiala, Ph.D.

Myšková Eva. Molekulární epidemiologie střevních parazitů lišky polární a medvěda ledního v Arktidě.
supervisor: doc. RNDr. Oleg Ditrich, CSc.

Tykalová Hana. Interaction of tick-borne encephalitis virus with host and vector cells.
supervisor: prof. RNDr. Libor Grubhoffer, CSc.

2021

Mácová Anna. Apodemus vs. Eimeria: Evolutionary factors of speciation and diversification in host-parasite system.
supervisor: MVDr. Jana Kvičerová, Ph.D.

2019

Martinů Jana. Host specificity, genetic variability and genealogy in populations of model parasite species.
supervisor: doc. RNDr. Jan Štefka, Ph.D.

2017

Jalovecká Marie. Establishment of Babesia laboratory model and its experimental application.
supervisor: RNDr. Ondřej Hajdušek, Ph.D.; Malandrin Laurence

Jirsová Dagmar. Population genetics of the fish tapeworm Wenyonia virilis (Caryophyllidea: Caryophyllaeidae) and its fish host Synodontis schall
(Siluriformes: Mochokidae).
supervisor: Mgr. Miloslav Jirků, Ph.D.

Patra Sneha. Malacosporea and Sphaerospora sensu stricto: Myxozoan clades with unique biology and evolution.
supervisor: Astrid S. Holzer, MSc., Ph.D.

2016

Tyml Tomáš. Diversity, phylogeny and phylogeography of free-living amoebae.
supervisor: Mgr. Martin Kostka, Ph.D.

2015

Hönig Václav. Spatial Distribution of Tick-Borne Pathogens as a Consequence of Vector-Host-Pathogen Interactions with Environment.
supervisor: prof. RNDr. Libor Grubhoffer, CSc.

Georgieva Simona. An integrative taxonomic approach to the study of trematode diversity and life-cycles in freshwater ecosystems.
supervisor: Aneta Kostadinova, Ph.D.

2014

Kodádková Alena (now Lövy). Myxosporean phylogeny and evolution of myxospore morphotypes.
supervisor: RNDr. Ivan Fiala, Ph.D.

Mendoza Palmero Carlos Alonso. Species composition and phylogenetic relationship of oviparous monogeneans (Dactylogyridae: Ancyrocephalinae) of catfish (Siluriformes) of the Amazon River.
supervisor: prof. RNDr. Tomáš Scholz, CSc.

Tonk Miray. Characterisation and functional analysis of defensins from the ticks Ixodes ricinus and Ixodes scapularis.
supervisor: prof. RNDr. Libor Grubhoffer, CSc.

2012

Ash Anirban. Diversity of tapeworms (Cestoda) in freshwater fish of India.
supervisor: prof. RNDr. Tomáš Scholz, CSc.

Brabec Jan. Molecular Systematics and Evolution of Basal Cestoda Lineages.
supervisor: prof. RNDr. Tomáš Scholz, CSc.

Franta Zdeněk. Blood meal digestion in the hard tick Ixodes ricinus.
supervisor: RNDr. Petr Kopáček, CSc.

Kvičerová Jana. Phylogeny of coccidia and coevolution with their hosts.
supervisor: prof. RNDr. Václav Hypša, CSc.

Nováková Eva. Molecular phylogeny and genome evolution of insect symbiotic bacteria.
supervisor: prof. RNDr. Václav Hypša, CSc.

2011

Soldánová Miroslava. Composition and structure of larval trematode communities in model freshwater pulmonate gastropods
in eutrophic environments in Central Europe.
supervisor: Aneta Kostadinova, Ph.D.

2010

Bartošová Pavla (now Sojková). Fylogenetická analýza molekulárních dat vybraných druhů myxosporeí.
supervisor: RNDr. Ivan Fiala, Ph.D.

Chmelař Jindřich. Transcriptomic and functional analysis of salivary proteins from the tick Ixodes ricinus.
supervisor: prof. RNDr. Jan Kopecký, CSc.

Paris Zdeněk. The impact of iron-sulfur assembly on the mitochondrial tRNA import in Trypanosoma brucei.
supervisor: prof. RNDr. Julius Lukeš, CSc.

2009

Hajdušek Ondřej. Glykobiologické aspekty klíštěte Ixodes ricinus, přenašeče lymské boreliózy.
supervisor: prof. RNDr. Libor Grubhoffer, CSc.

Skallová Anna. Přenos viru klíšťové encefalitidy aktivovaný klíštěcími slinami.
supervisor: prof. RNDr. Jan Kopecký, CSc.

2008

Štefka Jan. Host specificity, genetic variability and genealogy in populations of model parasite species.
supervisor: prof. RNDr. Václav Hypša, CSc.

2007

Kuchta Roman. Revision of the paraphyletic "Pseudophyllidea" (Eucestoda) with description of two new orders Bothriocephalidea and Diphyllobothriidea.
supervisor: prof. RNDr. Tomáš Scholz, CSc.

2006

Faltýnková Anna. Developmental stages of trematodes (Digenea) in freshwater molluscs in Central Europe.
supervisor: prof. RNDr. Tomáš Scholz, CSc.

Fiala Ivan. Fylogenetické vztahy vybraných druhů a rodů myxosporeí.
supervisor: MVDr. Iva Dyková, DrSc.

Zíková Alena (now Panicucci). Functional and structural analysis of mitochondrial RNA binding proteins in procyclic Trypanosoma brucei.
supervisor: prof. RNDr. Julius Lukeš, CSc.

Graduates of our Department currently work at the following institutions:

• universities
• Czech Academy of Sciences (CAS)
• private research institutions
• diagnostic laboratories
• hospital laboratories
• State Veterinary Institute (SVÚ)
• The National Institute of Public Health (SZÚ)
• pharmaceutical companies

University of South Bohemia in České Budějovice, Institute of Parasitology CAS, Institute of Microbiology CAS, The National Institute of Public Health Praha, State Veterinary Institute Jihlava, Hospital České Budějovice, i2L Research, Protean, Synlab, SEQme, Boehringer Ingelheim, Novartis.

Graduates of our Department currently work on following posts:

• follow-up Ph.D. study
• postdoc
• head of the laboratory
• assistant professor, associated professor at the university
• research scientist, researcher
• technician
• diagnostician
• laboratory technician
• bioinformatist
• bioanalyst
• pharmaceutical representative