Laboratoř vývojové epigenetiky a bioinformatiky
Laboratoř byla založena v roku 2023. Studujeme nemodelové druhy savců s cílem objasnit evoluci a molekulární (hlavně epigenetické) mechanismy samičí plodnosti u dlouhověkých druhů na úrovni oocytů, jejich ovariální niky a úspěšného embryonálního vývoje.
Vedoucí skupiny: Mgr. Lenka Gahurová, Ph.D. (roz. Veselovská)
Členové laboratoře
Lenka Gahurová
Eva Kopecká
Nikolas Tolar
Alyssa Malapit Fontanilla
Eliška Bláhová
Jakub Kořenář
Michaela Kazíková
Pavlína Chudá
Lenka Ošmerová
Anja Drobnjak
Vilja Langer
Laura Andessner-Angleitner
Výzkum
Savčí oocyty (=samičí vajíčka) jsou založeny během samičího embryonálnmího vývoje jako konečná populace. Jsou nevyhnutné pro pokračování druhu, ale zároveň jedny z nejstarších buněk v těle – u dlouhověkých druhů, jako je člověk, můžou být stare i několik dekád. Oocyty si udržují svojí kvalitu po velmi dlouhý čas, déle než většina jiných buněk, ale i tak je samičí plodnost jedna z prvních fyziologických funkcí, které přestávají správně fungovat v důsledku stárnutí – s věkem se snižuje kvantita a kvalita oocytů a to negativně ovlivňuje následný embryonální vývoj.
Samičí plodnost a biologie oocytů jsou většinou studovány na myši, klasickým modelovým druhu pro savce. Myši jsou ale plodné méně než 12 měsíců a nemůžou proto spolehlivě rekapitulovat procesy u dlouhověkých druhů, které jsou plodné několik desítek let. Množství studií take ukázalo že mechanismy objevené u myši se často liší od mechanismů pozorovaných u jiných druhů.
Na co se ptáme:
(1) Jaké jsou molekulární mechanismy podílející se na dlouhověké kvalitě oocytů, a co se může pokazit? Jak je kvalita a kvantita oocytů ovlivněna jejich ovariální nikou a fyziologickými procesy v ováriích (jako např. ovulacemi)?
(2) Jak dynamický vztah mezi hostitelským genomem a transpozony ovlivňuje biologii oocytů, reprogramování mezi oocytem a embryem, a embryonální vývoj? Mění se během stárnutí matky?
Co děláme:
Používáme různé genomické, transkriptomické a epigenomické metody sekvenování a metody pokročilé mikroskopie a studujeme tak oocyty, vaječníky a embrya několika dlouhověkých i krátkověkých druhů hlodavců z různých fylogenetických skupin, zejména africké rypoše, morčata, coruro, slepce a myši.
