Martin7 - Referenční databáze DNA evropských epifytických lišejníků
Identifikace organismů pomocí DNA sekvencí je dnes běžnou praxí a stále častěji se druhy identifikují z environmentálních vzorků. U většiny organismů však stále postrádáme komplexní referenční DNA databáze, které by umožnily identifikovat získané sekvence.
Lichenologové v čele s J. Vondrákem vytvořili referenční databázi pro přesnou molekulární identifikaci epifytických lišejníků (mykobiontů) střední Evropy. Databáze jménem Martin7 zahrnuje sekvence nejčastějších lišejníkových „DNA barkódů“, jaderný úsek ITS a mitochondriální SSU. Celkem databáze obsahuje 1172 druhů a je veřejně dostupná zde.
Název databáze Martin7 je odvozen od druhého jména Karla Martina Redingera, významného rakouského lichenologa, který zemřel v roce 1940 ve věku 33 let a během sedmi let vytvořil významná lichenologická díla. Například jeho monografie Arthoniaceae, vydaná v roce 1937, je dodnes nepřekonána.
Bylo zjištěno:
- Ve většině případů DNA barkódy umožňují rozlišit druhy tak, jak jsou v současné době vymezeny, ale u několika málo skupin jeden z barkódů jednoznačně nerozlišuje morfologicky rozlišované druhy.
- Byla prokázána existence mnoha předpokládaných nepopsaných druhů.
- Některé druhy lišejníků, které vypadají stejně, jsou ve skutečnosti různé druhy a mají odlišnou DNA, ale okem jsou od sebe nerozeznatelné.
Kontakt: doc. Mgr. Jan Vondrák, Ph.D. (hans at prf.jcu.cz)
Obrázek: Nové druhy: (A) Bacidina acerina, Vondrák 24353, PRA, sorediate thallus. (B) Bacidina paradoxa, Palice 33646, PRA, scattered soralia. (C) Chrysothrix fagicola, holotype, sorediate thallus with needle-like crystals of zeorin. (D, E) Japewia gyrophorica, Palice 32415, PRA, older thallus with eroded soralia (D), holotype, young thallus (E). (F, G) Lecanora arachnoidea, Vondrák 13908, PRA, thallus with soralia (F), fibrillous prothallus (G). All scales: 0.5 mm.
